Do zadań Zespołu do spraw zdrowia i ochrony zwierząt 

należy prowadzenie spraw wynikających z przepisów o ochronie zwierząt, ochronie zdrowia zwierząt oraz zwalczaniu chorób zakaźnych zwierząt, przepisów o rejestracji i identyfikacji zwierząt, przepisów  o weterynaryjnej kontroli w handlu, oraz przepisów o wzajemnej zgodności, a także zadań wynikających z ustawy o zarządzaniu kryzysowym, a w szczególności: 

1. ustalanie ogólnych kierunków działania i szczegółowych zasad postępowania powiatowych lekarzy weterynarii oraz koordynacja działań tych organów w zakresie:
   1. kontroli i zwalczania chorób zakaźnych zwierząt, w tym zapobiegania ich wystąpieniu, wykrywania i likwidowania,
   2. monitorowania chorób odzwierzęcych oraz odzwierzęcych czynników chorobotwórczych,
   3. kontroli przestrzegania wymagań weterynaryjnych przez podmioty podejmujące lub prowadzące działalność związaną ze zwierzętami (działalność nadzorowaną) oraz kontroli zwierząt wprowadzanych na rynek, przemieszczanych lub przeznaczonych do handlu,
   4. kontroli przesyłek zwierząt w miejscu przeznaczenia,
   5. stosowania u zwierząt substancji o działaniu hormonalnym, tyreostatycznym i beta - agonistycznym,
   6. kontroli zdrowia zwierząt przeznaczonych do rozrodu i jakości materiału biologicznego,
   7. kontroli przestrzegania wymagań weterynaryjnych podczas pozyskiwania, konserwacji, obróbki, przechowywania, prowadzenia obrotu lub wykorzystywania materiału biologicznego, jak również prowadzenia punktów kopulacyjnych;
2. nadzór nad  realizacją programów i planów monitorowania zakażeń zwierząt, chorób odzwierzęcych i odzwierzęcych czynników chorobotwórczych oraz  związanej z nimi oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe u zwierząt;
3. zarządzanie oraz informowanie o ryzyku w celu zapewnienia wysokiego poziomu ochrony zdrowia i życia ludzi i zwierząt, na podstawie analiz i ocen sytuacji epizootycznej;
4. zarządzanie kryzysem – rozpoznawanie sytuacji, które mogą prowadzić do  kryzysu i stosowanie odpowiednich środków zapobiegawczych i  naprawczych;
5. aktualizacja planów gotowości zwalczania poszczególnych chorób zakaźnych zwierząt;
6. prowadzenie spraw związanych z realizacją programów zwalczania poszczególnych chorób zakaźnych zwierząt;
7. prowadzenie spraw związanych z uznaniem terytorium  województwa lub jego części za urzędowo wolne od poszczególnych chorób zakaźnych zwierząt;
8. koordynacja nadzoru nad przestrzeganiem zasad identyfikacji i rejestracji zwierząt oraz wymogów wzajemnej zgodności;
9. koordynacja nadzoru nad przestrzeganiem przepisów z zakresu ochrony zwierząt;
10. koordynacja oraz kontrola sposobu wykonywania nadzoru nad podmiotami prowadzącymi działalność nadzorowaną, w zakresie właściwości Zespołu;
11. prowadzenie i nadzorowanie rejestrów podmiotów prowadzących działalność nadzorowaną,  w zakresie zadań Zespołu;
12. rozpatrywanie pod względem merytorycznym odwołań od decyzji Powiatowych Lekarzy oraz przygotowanie projektów decyzji dla Wojewódzkiego Lekarza, jako organu II instancji;
13. rozpatrywanie skarg i wniosków, w zakresie właściwości Zespołu;
14. obsługa systemów i programów komputerowych dedykowanych Inspekcji Weterynaryjnej w zakresie zadań  Zespołu;
15. sporządzanie obowiązującej sprawozdawczości, w zakresie zadań Zespołu;
16. organizacja szkoleń, w tym dla Powiatowych Lekarzy, w zakresie zadań Zespołu;
17. współpraca z organami innych Inspekcji, ze Służbą Celną, jednostkami samorządu terytorialnego, organami samorządu lekarsko-weterynaryjnego, Agencją Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa, Polskim Związkiem Łowieckim, Ośrodkiem Doradztwa Rolniczego, Policją, Państwową Strażą Pożarną i innymi służbami, w zakresie zadań Zespołu.